Binlerce kişiyi dolandırdığı iddia edilen Aydın'ın soruşturma ve kovuşturma aşamasında ifadesi alınamazken, Çiftlik Bank dolandırıcılığıyla ilgili yargılama süreci şu şekilde gerçekleşti:

Mehmet Aydın hakkında ilk kırmızı bülten 19 Mart 2018'de yakalama kararına istinaden çıkarıldı. Anadolu Cumhuriyet Başsavcılığı'nca hakkında soruşturma başlatılan Aydın'ın da aralarında bulunduğu 48 sanık hakkında 26 Mart 2018 tarihinde iddianame düzenlendi. Hazırlanan iddianamede 3 bin 762 kişi müşteki olarak yer alırken 'Çiftlik Bank Sisteminde' yer alan 132 bin 222 katılımcıdan 1 milyar 139 milyon 972 bin 622 lira topladığı anlatıldı. Soruşturma sırasında firari olan Mehmet Aydın, Fatih Aydın, Osman Naim Kaya ve Cengiz Samur'un Brezilya, Uruguay, Kuzey Kıbrıs Türk Cumhuriyeti ve Amerika Birleşik Devletleri adli makamlarından iadesi istendi.

İddianamede firari sanık Mehmet Aydın'ın da aralarında bulunduğu 18 örgüt yöneticisinin 'Suç işlemek amacıyla örgüt kurma/yönetme', 'Bilişim sistemlerini araç olarak kullanmak suretiyle nitelikli dolandırıcılık', 'Ticari şirketlerin faaliyeti kapsamında nitelikli dolandırıcılık' ve 'Suçtan kaynaklanan malvarlığı değerlerini aklama' suçlarından 22 bin 580'er yıldan 75 bin 260'ar yıla kadar hapisleri istendi.

Örgüt üyeleri ve yardım edenlerin aralarında bulunduğu 30 sanık hakkında ise 'Suç işlemek amacıyla kurulan örgüte üye olma', 'Suç işlemek amacıyla kurulan örgüte yardım etme', 'Suçtan kaynaklanan mal varlığı değerlerini aklama' suçlarından toplamda 5'er yıldan 13'er yıla kadar hapisleri talep edildi.

O dönem 7'si firari 11'i tutuklu 48 sanık, iddianameyi kabul eden Anadolu 6. Ağır Ceza Mahkemesi'nce 10 Mayıs 2019 tarihinde ilk kez hakim karşısına çıktı. İlk duruşmada 11 tutuklu sanıktan 9'u tahliye oldu. 4 Eylül 2019'da görülen ikinci duruşmada ise tutuklu bulunan 2 sanık da tahliye olarak yargılamada tutuksuz sanık kalmadı.

17 Mart 2020'de görülen duruşmada ise mahkeme heyeti, 28 sanığın dosyasının ayrılmasına karar verdi. 'Suç işlemek amacıyla kurulan örgüte üye olma', 'Örgüte yardım etme' ve 'Mal varlığı değerlerini aklama' suçlarından yargılanan 28 sanığın da 22 Eylül 2020 tarihinde ayrı ayrı beraatine karar verdi. Mehmet Aydın'ın teslim olmasının ardından 3 firarisi kalan 20 sanıklı dava Anadolu 6. Ağır Ceza Mahkemesi'nce 14 Eylül'de görülmeye devam edilecek.